「エタチンメイト」は、核酸のエタノール沈殿に使用するための共沈剤（高分子キャリアー）です。エタノール沈殿の際に本品を添加することで、白色の沈殿が形成され、微量サンプルでも目視による確認が可能になります。
エタノール沈殿をする際に、共沈剤の併用をされている方は多くいらっしゃるかと思います。
共沈剤は微量な核酸の回収や沈殿の目視化が目的ですが、実際にどの程度効果があるのか調べてみました。
実験
■使用した核酸：
培養細胞MCF7からRNA抽出試薬「ISOGEN」にて抽出したtotal RNA 10ng
■比較データ：
①共沈剤なしでエタノール沈殿
②共沈剤（エタチンメイト、Code No.312-01791)を加えてエタノール沈殿
③エタノール沈殿なし（ポジティブコントロール）
■方法:
[サンプル調整]
①共沈剤なしでエタノール沈殿
：Total RNAを 10 ng/100 μLに調整した。
さらに、3M NaOAc 3.3 μL, EtOH 250 μLを添加し、2分間シェイクした。
②共沈剤（エタチンメイト、Code No.312-01791)を加えてエタノール沈殿
：Total RNAを 10 ng/100 μLに調整した。
さらに、エタチンメイト 1 μLを添加し、3M NaOAc 3.3 μL, EtOH 250 μLを添加し、2分間シェイクした。
③エタノール沈殿なし（ポジティブコントロール）
：Total RNAを 10 ng/12 μLに調整し、そのまま以下の逆転写反応を実施した。
[エタノール沈殿]
①・②のサンプルは、以下の手順でエタノール沈殿を実施した。
・14,000 prm, 10 min., 4℃で遠心
・上清を除去し、75% EtOH 500 μLを添加
・14,000 rpm, 5 min., 4℃で遠心の後、上清を除去
・14,000 rpm, 5 min., 4℃で遠心の後、上清を完全に除去
・12 μLのmilliQ水を添加し、vortexで溶解
[逆転写]
Total RNA 12 μLを1st strand cDNA合成キット「GeneAce cDNA Synthesis Kit」（Code No.319-08881)を使用してcDNAを合成した。cDNA溶液21 µLにTE 79 µLを添加して保存した。
[リアルタイムPCR]
上記のcDNA溶液を1,000倍希釈したサンプルをTemplateとし、「GeneAce Probe qPCR Mix II」（Code No.313-08823)を用いて、qPCRを実施した。
（ターゲット遺伝子：RPL13A）
■結果:
目視の結果
遠心前の時点で、②エタチンメイトを添加したサンプルでは、浮遊物がみられました。
また、遠心後では、②エタチンメイトを添加することで、沈殿を目視で確認できました。
RT-qPCR結果
| サンプル | Ct値(n=3) |
|---|---|
| ① 共沈剤なしでエタノール沈殿 | 検出限界以下 |
| ② 共沈剤（エタチンメイト)を加えてエタノール沈殿 | 36.87 |
| ③ エタノール沈殿なし（ポジティブコントロール） | 35.90 |
■結論：
エタチンメイトを添加せずにエタノール沈殿を実施したサンプルでは、RT-PCR増幅がみられませんでした。
一方で、エタチンメイトを使用したサンプルではRT-PCR増幅がみられました。
このことから、エタノール沈殿を使用する核酸の回収の際には、エタチンメイトの使用が効果的といえるのではないでしょうか。
実験に使用した試薬