当社では、スピンカラムを用いた核酸抽出キット「ISOSPINシリーズ」を販売しており、対象試料に応じたラインアップの拡充を進めています。一方で、現行ラインアップには「環境水専用のDNA抽出キット」がないため、どのキットが適しているかについてご相談いただく機会が増えています。
そこで今回は、血清・血漿からのDNA抽出キットである「ISOSPIN Blood & Plasmid DNA」を用い、環境水試料からのDNA抽出が可能かを検証しました！ DNA抽出条件は、一般社団法人環境 DNA 学会が公開をしている「環境DNA 調査・実験マニュアル」を参考に、同マニュアルで採用されているキットとの比較も併せて行いました。
実験データ
詳細なプロトコール、実験データは以下(PDF)よりご覧ください。
※同マニュアル中の「グラスファイバーフィルターからの DNA 抽出」を参考にしています。
[対象試料]
・海水ろ過後のグラスファイバーフィルター(2枚)
[対象製品]
① DNeasy Blood & Tissue kit (QIAGEN) ※マニュアルの推奨キット
② ISOSPIN Blood & Plasma DNA (血液、血清、血漿からのDNA抽出キット)
[プロトコール]
「環境DNA 調査・実験マニュアル」を参考に実施 (詳細は実験データ(PDF)参照)
[結果] PCR産物の電気泳動
[まとめ]
今回の検証では、「ISOSPIN Blood & Plasma DNA」を用いた海水試料からのDNA抽出において、「環境 DNA 調査・実験マニュアル」で推奨されているDNeasy Blood & Tissue kitを用いた場合と同等のPCR産物を得ることができました。
[関連情報]
・PCR阻害物質除去カラムキット 「PCR Inhibitor CleanUp Kit」
活性炭や親水性ポリマーにより、核酸溶液に含まれる腐植物質（フミン酸）、ポリフェノール、タンニン、メラニン、多糖類、色素などのPCR阻害物質を吸着して除去することができます。環境水に含まれるフミン酸などの除去にも有効なため、阻害物質によりPCRが掛からないなどお困りの際は是非ご検討ください。
・環境DNA濃縮キット 「SGF-water、SGF-soil」
SGF法*を採用し、簡便かつ迅速に環境水もしくは土壌中の核酸を濃縮・回収することができます。
また、専用の簡易DNA抽出試薬をセットにしているため、試料の濃縮からDNA抽出までの作業工程を簡略化できます。
*SGF(Suspended Glass Fiber) 法：細かく砕いたガラス繊維が核酸を吸着する性質を用いて、環境核酸を簡易かつ効率よく濃縮・回収する技術